Temeljem istog zakona i niza međunarodnih konvencija Ministarstvo kulture RH je dužno voditi brigu o zaštiti kulturne baštine pa tako i arheološke baštine.
U razdoblju od 1. siječnja 2004. do danas Ministarstvo kulture i HAC sklopili su ugovore ukupne vrijednosti 401.200.962 kn, od čega je do sada realizirano 294.300.000 kn. Taj se iznos ne odnosi samo na arheološka iskopavanja, već i na druge radnje vezane uz postupak zaštite arheološke, ali i druge kulturne baštine koja je fizički ugrožena izgradnjom prometnica. Slijedom navedenog, manji dio sredstava utrošen je na izradu konzervatorskih studija kojima je cilj utvrditi pozicije ugrožene baštine (arheološke i etnološke). Glavnina sredstava utrošena je na zaštitna arheološka iskopavanja, a manji dio na radove zaštite etnografske baštine koja je osobito bila ugrožena u Dalmaciji. U navedenom razdoblju istraživano je na tri trase (Dugopolje-Ploče, Beli Manastir-Osijek-Đakovo-Svilaj, Zagreb-Velika Gorica-Sisak).
Na sve tri trase ukupne dužine 319 km nalazi se 157 lokaliteta. Od toga kao primjer veličine i zahtjevnosti arheoloških radova navodimo 11 pozicija na dionici Đakovo – Sredanci na kojima je istraženo ukupno 461.300 metara četvornih arheoloških lokaliteta koji pripadaju razdoblju od prapovijesti, antike i srednjega vijeka.
Netočni su navodi o prednosti Odsjeka za arheologiju Filozofskog fakulteta u Zagrebu u odnosu na druge sudionike istraživanja, kao i tvrdnja da je prof. dr. sc. Mirjana Sanader utjecala na odabir izvoditelja arheoloških radova. Ministarstvo je organiziralo i koordiniralo zaštitna istraživanja, a dijelom i samo izvelo, u skladu s mogućnostima institucija zainteresiranih za provedbu radova. U navedenom razdoblju u radovima su sudjelovale brojne muzejske i znanstvene institucije: Arheološki muzej iz Osijeka, Muzej Slavonije iz Osijeka, Arheološki muzej iz Zagreba, Muzej Brodskog posavlja iz Slavonskog Broda, Muzej Đakovštine iz Đakova, Zavičajni muzej Stjepana Grubera iz Županje, Arheološki muzej iz Splita, Muzej hrvatskih arheoloških spomenika iz Splita, Muzej grada Zagreba, Gradski muzej Sisak, Filozofski fakultet u Zagrebu, Filozofski fakultet u Zadru, Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti iz Zagreba, Institut za arheologiju iz Zagreba, Hrvatski restauratorski zavod iz Zagreba. Nadalje, u radovima su sudjelovale i privatne tvrtke koje su stručno i tehnički osposobljene za radove na kulturnim dobrima, što ih stavlja u ravnopravan odnos s muzejskim i znanstvenim institucijama kada su u pitanju ovako zahtjevni projekti. U tim su radovima sudjelovale sljedeće tvrtke: Kaducej iz Splita, Kaukal iz Splita, Neir iz Splita, Xia-inženjering iz Splita, Palisada iz Trilja, Arheo plan iz Dubravke, Geographica iz Splita i Geoarheo iz Zagreba. Također je važno napomenuti da su u tim radovima angažirani i brojni nezaposleni arheolozi, kao i fizički radnici kojima je to često bio jedini ozbiljniji posao u duljem razdoblju kao i činjenicu da je tim radovima kulturna baština tretirana na način kako se to radi u ostatku civiliziranog svijeta. Također je važno napomenuti da su se arheološka istraživanja i drugi zaštitni radovi na trasama izgradnje autocesta odvijali na više lokacija istovremeno i to u strogo zadanim rokovima te je stoga bilo osobito važno kvalitetno organizirati rad brojnih ekipa i nadzirati provedbu radova kako ne bi došlo do zastoja. Kad je riječ o „količini istraživanja i troškova koji se mogu povećati sukladno odluci Ministarstva o daljnjem tretmanu lokaliteta“ točno je da je u slučaju povećanja broja dana i troškova arheoloških istraživanja mogao biti sklopljen novi ugovor, a takav je u svim ovim godinama bio samo jedan slučaj i to na lokaciji u blizini Velike Gorice, međutim bilo je i primjera da su troškovi istraživanja bili manji od planiranih.
Navodi o nerazmjeru troškova za pojedine dionice također nisu utemeljeni na činjenicama i posljedica su nepoznavanja temeljnih principa zaštitnih istraživanja, kao i prirode arheologije. Istraživanja na trasama autoceste u Slavoniji i potezu od Zagreba do Siska znatno su skuplja u odnosu na ostale dionice zbog veće gustoće i prostorne veličine lokaliteta, što je posljedica intenzivnijeg života od razdoblja prethistorije do danas na tim prostorima.
Što se pak navoda o opravdanosti zaštitnih istraživanja tiče, ovim istraživanjima i ovim pristupom RH radi ono što je u Europi već dugo praksa istražuje, konzervira, prezentira i objavljuje arheološku i dijelom etnološku baštinu zatečenu na tim dionicama, za razliku od vremena kad se duž autocesta kulturna baština gurala bagerima u more ili zatrpavala ili čak zabetonirala kao što je to slučaj Salone u Solinu . Naravno da ovakva procedura ima i svoju cijenu ovisno o mjestu istraživanja, zahvatu istraživanja odnosno dubini kulturnog sloja i o broju nađenih i konzerviranih ostataka kao i samoj prezentaciji objave. Nadalje, rezultati istraživanja, koji su doista impresivni, a u pojedinim su segmentima dali i potpuno nove interpretacije, vidljivi su i mjerljivi. Svi radovi objavljuju se u godišnjoj publikaciji Ministarstva „Hrvatski arheološki godišnjak“, kao i u pojedinim drugim stručnim publikacijama, ali i u već nekoliko izdanih pojedinačnih monografija te povremenim izložbama, a velik dio materijala svoje mjesto već sada ima u stalnim postavima muzeja.
Prosudimo stoga zavrjeđuje li da i „jedan novčić“ bude sačuvan, istražen i konzerviran ili je bolje betonom pokriti prošlost kao što je to bio često slučaj u nedavnoj prošlosti.
Kada je riječ o glavnom konzervatoru Zoranu Wieweghu nije točno da je došao iz Siska u Ministarstvo kulture 2001. već je to bilo 2004. godine, nije bio student prof. Sanader niti mu je ona bila mentor. U centru za razminiranje bio je kratko član i sudjelovao na jednom sastanku bez ikakve naknade. Koordinaciju arheoloških istraživanja provodili su, uz glavnog konzervatora Wiewegha, Tanja Lolić, Miro Katić, dok je sredinom 2009. godine brigu o Sisačkoj dionici preuzela Ivana Miletić.