Svrha programa prirodnih znanosti je širenje postojećih znanja i daljnji razvoj znanosti općenito. U tom smislu, jedan od prioriteta Organizacije jest poboljšanje statusa znanstvenog obrazovanja u svijetu te unapređenje međunarodne suradnje u okviru znanstvenih istraživanja, tješnja veza između prirodnih i društvenih znanosti.
Na programskom području prirodnih znanosti obuhvaćaju se teme koje se odnose na temeljne i inženjerske znanosti, znanstvene politike te ekološke znanosti. Poseban naglasak daje se problematici odnosa okoliša i upravljanja prirodnim pojavama, održivom razvoju, pitanju pitkih voda, problematici voda i njihovih pridruženih ekosustava, obalnom području i malim otocima.
Važni međuvladini interdisciplinarni programi u području prirodnih znanosti:
Čovjek i biosfera (Man and Biosphere - MAB) razvija bazu za očuvanje biološke raznolikosti, te unapređenje odnosa između ljudi i okoliša u cijelom svijetu. Promicanjem očuvanja bio-raznolikosti ovaj program je u nadolazećem razdoblju usredotočen na nove pristupe za podržavanje održivog razvitka;
Na 24. Zasjedanju Međunarodnog koordinacijskog vijeća Programa „Čovjek i biosfera“ UNESCO je proglasio Prekogranični rezervat biosfere Mura-Drava-Dunav, zajedničku nominaciju Republika Hrvatske i Mađarske. Prekogranični rezervat biosfere proteže se uzduž rijeka Mure, Drave i Dunava, odijeljenih jarcima za prevenciju poplava. Rezervat biosfere je značajan za poučavanje o različitim pristupima u upravljanju poplavama.
Međunarodni hidrološki program (International Hydrological Programme - IHP) ima za cilj hidrološka istraživanja u promjenjivom okolišu, upravljanje vodama u svrhu održivog razvitka te obrazovanje, usavršavanje i prijenos znanja;
Međunarodni program geoloških znanosti (International Geoscience Programme - IGCP) je interdisciplinarni istraživački program koji u mnoštvu geoloških problema od globalnog značaja osigurava geolozima multinacionalnu platformu za razmjenu znanja i metodologija. Ciljevi su: poznavanje globalnih čimbenika u okolišu u cilju poboljšanja uvjeta čovjekova života, razvijanje učinkovitih metoda za iznalaženje prirodnih izvora energije i mineralnih sirovina, povećanje saznanja o geološkim procesima, usavršavanje metodologije i tehnike provedbe geoloških projekata.
Međuvladina oceanografska komisija (International Oceanographic Commission – IOC) predlaže i koordinira međunarodne znanstvene programe za istraživanje oceana i mora, osobito one usmjerene na stručno usavršavanje i unapređenje obrazovanja na tom području.