Izvršno vijeće (Executive Bord) je sastavljeno od 58 država članica, sastaje se bar dva puta godišnje kako bi osiguralo provođenje odluka s Opće skupštine, odgovorno je za pripremu Opće skupštine i razmatranje programa i proračuna Organizacije.

Tajništvo (Secretariat) čine uposlenici koji provode odobreni program UNESCO-a te također koordinira iste u sjedištu UNESCO-a i diljem svijeta.

Glavni ravnatelj UNESCO-a
Glavna ravnateljica UNESCO-a je izvršna voditeljica Organizacije koja oblikuje prijedloge za provedbu putem Opće skupštine i Izvršnog vijeća te priprema nacrt programa i proračuna za dvogodišnje razdoblje. Glavna ravnateljica UNESCO-a je Audrey Azoulay.

Programska područja
UNESCO djeluje u pet programskih područja: obrazovanje, prirodne znanosti, društvene i humanističke znanosti, kultura, komunikacije i informacije.

Programsko područje obrazovanja uključuje sljedeće teme: obrazovanje za sve, osnovno obrazovanje, obrazovanje djevojčica i žena, opismenjavanje, strukovno i tehničko obrazovanje, visoko školstvo, obrazovanje nastavnika, obrazovanje za održivi razvoj, udružene škole, e-učenje.

Okosnica rada društvenih i humanističkih znanosti uključuje pitanja društvenih promjena, multikulturalizma, urbanih problema, etike u znanosti i tehnologiji, bioetike, filozofije, ljudskog genoma te promicanja ljudskih prava, demokratskih načela i tolerancije.

Na programskom području kulture ključne su teme materijalna i nematerijalna baština, kulturne industrije, kulturna raznolikost, interkulturni dijalog, kulturni turizam, kulturne politike, kreativnost i umjetnost, autorska prava.

Osnovne smjernice rada programskog područja komunikacija i informacija uključuju poticanje slobodnog protoka informacija riječju i/ili slikom, jačanje infrastrukture usavršavanja stručnjaka zemalja u razvitku i onih država članica koje u cilju uspostavljanja demokratskog poretka prolaze kroz razdoblje društvenih promjena, te pitanja slobode izražavanja u informatičkom društvu, infoetike i razvoja komunikacija općenito.

U dokumentima dvogodišnjeg i srednjoročnog razdoblja ističu se i dvije velike teme prisutne u svim programskim područjima: 1. Afrika i 2. Promicanje ravnopravnosti spolova.

Nacionalna povjerenstva
UNESCO je jedina UN-ova specijalizirana agencija koja djeluje kroz sustav nacionalnih povjerenstava. Povjerenstva su glavna poveznica u dijalogu država članica i UNESCO-a. Ona ujedno djeluju kao savjetodavno tijelo Vlade zemlje članice te pomažu pri provedbi mnogih inicijativa kao na primjer izrada studija i ekspertiza, unaprjeđivanju i podjeli znanja, razmjeni i distribuciji informacija. Uloga, zadatci i međusobni odnosi između nacionalnih povjerenstava, država članica i UNESCO-a utvrđeni su Poveljom o nacionalnim povjerenstvima iz 1978. godine. Članove povjerenstva za UNESCO čine predstavnici obrazovnih, znanstvenih i kulturnih zajednica, parlamentarci, predstavnici nevladinih udruga, akademske i poslovne zajednice. Važan segment rada svakog nacionalnog povjerenstva je i suradnja s drugim nacionalnim povjerenstvima država članica.

Pravni instrumenti
Važan dio rada UNESCO-a odnosi se na izradu međunarodnih pravnih instrumenata - konvencija, deklaracija i preporuka (Pravni instrumenti u području kulture: Konvencija o zaštiti kulturnih dobara u slučaju oružanog sukobaKonvencija o načinima zabrane i sprječavanja ilegalnog uvoza, izvoza i prijenosa vlasništva nad kulturnim dobrimaKonvencija o zaštiti svjetske kulturne i prirodne baštineKonvencija o zaštiti podvodne kulturne baštineKonvencija o zaštiti nematerijalne kulturne baštineKonvencija za zaštitu i promicanje raznolikosti kulturnih izričaja).